يدور جدل حاد في صلب البرلمان العراقي حول اتفاق نهائي لقانون المحكمة الاتحادية بسبب اختلاف وجهات النظر حول دور وصلاحيات فقهاء الشريعة في عضوية المحكمة، تخوفا من إخضاع الدولة للحكم الديني، إذ لم يتم التصويت على فقرات في القانون وصفت بالخلافية لحين التوصل لاتفاق سياسي بشأنها، إذ سجّل عدد من النواب اعتراضات على مشروع القانون تتلخص في أن المحكمة الاتحادية العليا، لا تحتاج إلى فقهاء في الشريعة وأن أعضاء المحكمة الاتحادية الذين سيتم اختيارهم من مجلس القضاء هم من القضاة العراقيين الذين هم يمثلون أطياف الشعب العراقي كافة ومعلوماتهم في أديانهم ومذاهبهم لا تقل عن فقهاء الشريعة الذين سترشحهم الأحزاب. مستشار رئيس مجلس النواب لشؤون المكونات، رفض تمرير قانون المحكمة الاتحادية بصيغته الحالية، محذراً من أن هذه الصيغة ستؤسس لدولة دينية تحكمها "الأغلبية الدينية" بإعطائها حق الفيتو لفقهاء الشريعة الإسلامية لفرض كل ما يتعارض مع الشريعة الإسلامية، مردفاً: "وكأن العراق يعيش فيه أغلبية مسلمة فقط ويفرض على البقية دولة دينية كأمر واقع".